Gudfaren 2 veksler mesterlig mellom to perioder med sine respektive hovedpersoner. Den ene historien følger Don Vito Corleones oppvekst på Sicilia og senere i 1910-årenes New York. Parallelt følger filmens andre historie den nye gudfaren Michael Corleone på 1950-tallet, og hans forsøk på å utvide familieforretningene til også å inkludere Las Vegas, Hollywood og Cuba.